Ia juga berpendapat penghitungan kerugian keuangan negara harus didasarkan pada kerugian yang benar-benar terjadi (actual loss), bukan sekadar potensi kerugian (potential loss).
Khomaini menyatakan, meskipun terdapat hasil pemeriksaan yang menyatakan adanya kerugian keuangan negara, hakim tetap memiliki kewenangan untuk menilai dan meyakini sendiri alat bukti tersebut dalam proses pembuktian.
Khomaini kemudian menjelaskan prinsip pembuktian dalam perkara pidana yang mensyaratkan adanya sekurang-kurangnya dua alat bukti yang sah serta keyakinan hakim.
Menurut dia, keberadaan dua alat bukti saja tidak serta-merta cukup apabila tidak disertai keyakinan hakim. Sebaliknya, keyakinan hakim juga harus didasarkan pada alat bukti yang memenuhi ketentuan hukum acara pidana.
"Dua alat bukti tanpa keyakinan, orang tidak boleh dihukum bersalah. Keyakinan tanpa dua alat bukti juga tidak boleh menghukum orang bersalah," katanya.
Sementara itu, Andi Hakim Lubis menyoroti persoalan keautentikan alat bukti. Menurutnya, apabila suatu bukti tidak autentik dan tidak memiliki kekuatan pembuktian, majelis hakim dapat mengesampingkannya.
"Kalau itu dulu namanya bukti yang diperoleh dengan cara-cara melawan hukum, maka itu bukti yang harus di-ignore. Harus dikesampingkan," ujar Andi.